雙光子共焦顯微鏡具有許多突出的優(yōu)點(diǎn)：
雙光子共焦顯微鏡可以采用波長(zhǎng)比較長(zhǎng)的、在生物組織中穿透能力比較強(qiáng)的紅外激光作為激發(fā)光源，因此可以解決生物組織中深層物質(zhì)的層析成像問(wèn)題。
由于雙光子熒光波長(zhǎng)距離發(fā)光波長(zhǎng)，因此雙光子共焦顯微鏡可以實(shí)現(xiàn)暗場(chǎng)成像。
雙光子可以避免普通成像中的熒光漂白問(wèn)題和生物細(xì)胞的光致毒問(wèn)題 。
雙光子躍遷具有很強(qiáng)的激發(fā)選擇 性，有利于對(duì)生物組織中一些特殊物質(zhì)進(jìn)行成像研究。